Здравствуйте.
1. Вам придется начислять НДС по этим гаражам, причем принять в вычет будет нечего (раз заказчик работает без НДС). По своим работам Вы тоже заплатите НДС.
2. Налог на прибыль.
Какой конкретно НП Вас интересует: начисленный сейчас по Вашим работам? В доходах при расчете налога на прибыль учтётся договорная цена, в соответствии со ст.105.3 НК РФ (она должна соответствовать рыночной цене, чтобы налоговики не придрались).
Если интересуют расходы для целей расчета налога на прибыль в будущем, при продаже гаражей физлицам - то это та же самая договорная цена, по которой Вы оприходуете полученные от заказчика гаражи. Так что лучше в соглашении "об оплате гаражами" установить договорную цену для каждого гаража в отдельности - во избежание проблем в будущем при расчете себестоимости.
КонсультантПлюс, 20.12.2013
Цитата:ПУТЕВОДИТЕЛЬ ПО СДЕЛКАММЕНА.СТОРОНА СДЕЛКИ2. Налог на прибыль при передаче товара с одновременным исполнением встречного обязательстваВ ситуации, когда стороны обмениваются товарами одновременно, момент реализации переданного товара совпадает с моментом оплаты стоимости принятого товара. Следовательно, доходы считаются полученными, а затраты - оплаченными.Таким образом, в данном случае выручка от реализации имущества (без учета НДС) признается на дату исполнения обеими сторонами обязательств по договору мены. При этом применяемый метод определения доходов и расходов (метод начисления или кассовый метод) не имеет значения (п. 1 ст. 248, п. 1 ст. 249, п. 3 ст. 271, п. 2 ст. 273 НК РФ).Доходы, полученные в натуральной форме по договору мены, учитываются исходя из цены сделки (п. п. 4, 6 ст. 274 НК РФ). Подробнее о порядке определения цены сделки см. раздел "НДС при передаче товара с одновременным исполнением встречного обязательства". Поэтому выручка от реализации имущества признается по цене, которая указана в договоре мене. Соответствующая сумма может быть уменьшена на стоимость приобретения имущества (на его остаточную стоимость, если по договору мены передается амортизируемое имущество) и иные расходы, связанные с реализацией, в порядке, который предусмотрен п. 1 ст. 268 НК РФ. Если по договору мены передается готовая продукция, выручка от ее реализации может быть уменьшена на расходы, связанные с ее производством и реализацией, которые определяются в порядке, установленном ст. ст. 318, 319 НК РФ (абз. 2 п. 2 ст. 318 НК РФ).Что касается стоимости имущества, полученного по договору мены, то специальных правил для ее определения в гл. 25 НК РФ нет. С учетом положений п. 2 ст. 254, п. 1 ст. 257, ст. 320 НК РФ соответствующая величина определяется исходя из цены, указанной в договоре мены (без учета НДС, предъявленного контрагентом). Стоимость полученного имущества включается в расходы в зависимости от того, что именно получил участник мены:- стоимость товаров для перепродажи включается в налоговую базу при их реализации (пп. 3 п. 1 ст. 268 НК РФ).