Здравствуйте!
Ваша главная ошибка в том, что Вы пытаетесь заполнять форму 6-НДФЛ по данным бухгалтерского учета, а нужно заполнять форму по данным налоговых регистров по НДФЛ.
Приказ ФНС России от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450@ "Об утверждении формы расчета сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом (форма 6-НДФЛ), порядка ее заполнения и представления, а также формата представления расчета сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом, в электронной форме":
Цитата:1.1. Форма Расчета заполняется на основании данных учета доходов, начисленных и выплаченных физическим лицам налоговым агентом, предоставленных физическим лицам налоговых вычетов, исчисленного и удержанного налога на доходы физических лиц (далее - налог), содержащихся в регистрах налогового учета.
В БУ и НУ по-разному признаются доходы и удерживается НДФЛ, даты часто отличаются.
Цитата: Нужно переделывать 1,2,3 квартал, или оставить как есть?
В отчетах содержатся ошибки, поэтому стОит сдать уточненные расчеты, чтобы не нарваться на штрафы по статье 126.1 НК.
Если у вас есть вопросы, не стесняйтесь, спрашивайте. Хорошего дня и успешной работы!